L'altitudine massima dell'isola è quella del Monte Santa Caterina (314 metri), dominato dall'omonimo forte costruito in epoca normanna.

Grande importanza ha avuto per l'isola l'impegno della famiglia Florio che nel 1874, per 2.700.000 lire acquistò interamente le isole Egadi e rimodernò gli stabilimenti della vecchia tonnara, dando lavoro al popolo dell'isola che ancora oggi ricorda le gesta di questa nobile e antica famiglia.

La mattanza si svolge nel mese di maggio ed è un rito per l'intera comunità di Favignana, una tradizione corale, una cerimonia intensa e cruenta che riassume il valore simbolico dell'eterna lotta per la sopravvivenza tra l'uomo e la natura.

Attualmente rappresenta un'attività prevalentemente folkloristica, dato che il ridotto numero di tonni pescati non ne consente un esercizio economicamente sostenibile. Non si può ad oggi prevedere se e per quanto tempo ancora questo millenario rituale avrà luogo nelle limpide acque antistanti Favignana.

Favignana è anche famosa per le sue cave, impropriamente dette di "tufo". La pietra di Favignana è infatti una calcarenite e non una roccia vulcanica come è il vero tufo. Nel 1991 a Favignana è stata istituita la riserva naturale delle isole Egadi. L'isola è ricca della tipica macchia mediterranea e la gariga vi cresce rigogliosa. È una delle poche isole minori siciliane in cui sia presente una popolazione di rospo smeraldino siciliano (Bufo siculus).

I più noti accessi al mare sull'isola di Favignana sono:

• Lido Burrone (spiaggia di sabbia)
• Cala Azzurra (piccola spiaggia con scogli)
• Cala Rossa (scogliera)
• Bue Marino (scogliera)
• Cala Grande (scogliera e spiagge di ciottoli)
• Cala Rotonda (scogliera e spiaggia di ciottoli)
• Grotta Perciata (scogliera)
• Cala Monaci, o Calamoni (scogliera e spiaggia di sabbia)
• Scivolo (scogliera)

E tante tante altre cale nascoste ... tutte da scoprire!